Службата за економско сметководствени работи има за цел следење и примена на законските и подзаконски акти од областа на буџетското и материјалното работење, управување со јавните средства на законски, економичен, ефективен и ефикасен начин, правилно евидентирање на финансиските трансакции и навремено финансиско известување и следење на резултатите од работењето. Го дефинира планот за јавни набавки, го следи неговото извршување и го применува Законот за јавни набавки. Ја планира динамиката на извршување на набавките, го контролира и следи реализирањето на истите. Врши нарачки до комитентите, прием, чување и издавање на организационите единици на лекови, медицински и немедицински потрошен материјал. Следење и обработка на прашањата што се поврзани со организацијата и развојот на информациониот
систем од областа на финансиите и информациониот систем на ЈЗУ и предлагање мерки за нивно унапредување. Врши подговтување на Буџетот, негово извршување и следење на реализацијата на Буџетот. Подговува годишни и квартални извештаи за реализација на средствата. Дава мислење по предлог актите што ги изготвуваат другите организациони единици и предлог актите кои имаат или може да имаат финансиски импликациии на буџетот на ЈЗУ.
Службата за економско сметководствени работи, работните задачи од својот делокруг ги извршува преку:
Сектор за платен промет, вонбилансна евиденција, плата и благајна
Сектор за сметководствено работење и фактурирање
Сектор за комерција
Стручен соработник за обработка на податоци и статистика
Програмер на компјутери – техничка подршка